Verschillende islamitische groeperingen hebben de verantwoordelijkheid voor de moordaanslag opgeëist. De openbare aanklager opende een rechtszaak tegen 17 verdachten die op 14 augustus 2000 van start ging bij het Gerechtshof van de Staatsveiligheid in Ankara. Onder de aangeklaagden bevonden zich drie islamitische militanten – Ferhan Özmen, Necdet Yüksel en Rüstü Aytufan – die de bom onder de auto van Mumcu zouden hebben geplaatst. Ook zouden zij de latere moordaanslag op journalist prof. dr. Ahmet Taner Kislali – eveneens werkzaam voor Cumhuriyet – op hun geweten hebben. Ook hij kwam op 27 oktober 1997 in Ankara om het leven door een autobom.

Slepende rechtszaak
De rechtszaak werd overgedragen aan Hogere Strafhof in Ankara nadat de Hoge Raad de zaak twee keer had verworpen. De rechtszaak loopt nog steeds. Tot nu toe is niemand bestraft voor de moord op Mumcu. Veel verdachten kwamen vrij nadat in 2004 een amnestie werd afgekondigd. Alleen Ferhan Özmen zit nog in de gevangenis.

Nog steeds wordt elk jaar de moordaanslag op Uğur Mumcu herdacht. Deze herdenkingen worden georganiseerd door de Uğur Mumcu Foundation, die zijn familieleden hebben opgericht. In 2008 heeft de stichting UNESCO gevraagd de sterfdag van Mumcu uit te roepen tot een internationale dag voor gerechtigheid voor alle schrijvers en journalisten die zijn vermoord vanwege het uitoefenen van hun beroep. De schrijversorganisatie International PEN ondersteunt dit initiatief. Sinds de moord op Uğur Mumcu zijn 20 schrijvers en journalisten – dikwijls door onbekende daders – om het leven gebracht in Turkije.